Tots els socis gaudien d'una colla de drets, entre els quals destacaven l'entrada al saló-cafè, als balls, a les conferències que, teòricament, es farien cada sis mesos... Però, en realitat, l'entrada al Fraternal no era molt tancada i era habitual trobar-hi, sobretot en els balls, joves no associats. Tot depenia de la permissibilitat de la Junta Directiva; l'any 1916 es recordava el següent: "Vistas las aglomeraciones de gente que reunen los domingos por la noche, cuando se celebra baile, se acuerda reglamentar los bailes prohibiendo la entrada a los no socios y familias respectivas".
Governa la societat la Junta General, formada per tots els socis assistents a les reunions convocades, però de fet l'administració i direcció del casino està en mans de la Junta Directiva, renovable parcialment cada any. La seva composició era la normal en aquesta mena d'associacions: un president, un vice-president, un secretari, un tresorer i uns vocals –uns vuit a partir del 1916-. I, habitualment, es fragmentava en seccions: de teatre, ball, biblioteca, consergeria...
Es difícil destacar algun president o Junta Directiva. Alguns varen destacar per ser partidaris de les innovacions, com per exemple la presidida per Josep Boix i Pi, l'any 1916, i formada per Martí Esparragó, Cecili Lunati, Francesc Medir, Martí Deulofeu, Mateu Pons, Francesc Clarà, Miquel Pujol i Josep Rius. Els seus objectius eren molts, entre els quals destaquem: allunyar els joves del vici, ampliar les aportacions benèfiques, crear un cor a causa de l'afició al cant a Palafrugell, programar més conferències,contractar indistintament les orquestres del poble, comprar les mercaderies a tots els comerciants palafrugellencs, permetre la formació d'una empresa de ball de joves en el si de la societat, o establir un nou sistema de pagament al cafè, mitjançant un talonari de consumicions. Aquestes mesures foren ben rebudes i el mes de febrer la societat ja comptava amb 200 socis més.
Però no totes les presidències foren tan actives i caracteritzades per les bones relacions amb els socis. L'enfrontament i les discussions no hi mancaren; aquest és el cas de la presidència de Tomàs Girbal, l'any 1919, molt problemàtica a causa dels resultats econòmics negatius de la consergeria i a la negativa de celebrar la Festa Major. La pressió dels socis va provocar la dimissió del president, després d'una assemblea extraordinària molt violenta que finalitzà amb la intervenció de la Guàrdia Civil.
Entre els personatges de la Junta Directiva també cal remarcar el secretari, responsable de la redacció de les actes i de la comptabilitat de l'entitat. Era un càrrec que rebia una retribució d'unes 150 pessetes anuals, a partir de l'any 1919. Enric Xicoira, el 1897, Francesc Clarà, el 1900, Francesc Medir i Gallart, el 1913 –un dels primers que va redactar les actes en català -, o Esteve Padrós, l'any 1934, són alguns dels més representatius.
Fer un estudi sòcio-professional dels socis del Fraternal és una tasca difícil a causa de la manca de documentació. Només unes vuitanta sol·licituds a soci, conservades de l'any 1931, permeten fer-ne un retrat col·lectiu molt aproximat. Segons aquestes, un 60% dels nou socis eren tapers o persones relacionades amb el món del suro, un 30% eren jornalers i la resta eren mecànics, comerciants, paletes, un ferrer i un tipògraf. Tots aquests socis eren molt joves i la major part no superava els vint anys. Aquestes conclusions diuen ben poc, però no són contràries a la memòria col·lectiva que coincideix a afirmar que la massa social del casino procedia de la burgesia però sobretot de les classes populars.